自由職業繳納的公積金和在公司繳納的公積金在福利待遇上是沒有區別的，但是在繳納時還是有一定差異的。

區別一：

個人自主繳存公積金只在某些地區可以，許多地區住房公積金管理中心還沒出具個人自主繳存公積金政策；而單位繳存公積金具有普適性。

區別二：

單位繳存公積金是職工和單位各按一定比例繳存的住房儲金，繳存基數是職工上一年度（自然年度）月平均工資，職工個人繳存的住房公積金以及單位為其繳存的住房公積金，實行專戶存儲，歸職工個人所有；而個人自主繳存公積金需要自己按一定比例繳存。

區別三：

個人自主繳存公積金需要自己去繳存地住房公積金管理中心繳納；而單位繳存公積金會有公司專門的經辦人去公司當地住房公積金管理中心繳納。

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