醫保和新農合是兩個不同的醫療保險制度。醫保主要針對城市居民及企業職工（居民醫保和職工醫保），職工醫保的比率一般要比居民醫保要高。新農合主要是針對農村人口實行的醫療制度。新農合一般上繳的費用比職工醫保要低很多。

城鎮居民醫療保險與新農合的區別：

一、是覆蓋的人群不同。城鎮居民醫保主要覆蓋城鎮戶籍的居民，新農合主要覆蓋農村戶籍居民。農村新型合作醫療是國家針對農民實施的一項醫療保障制度，它的基本設計是每位參保農民個人每年交費220元，國家財政每人每年配套補助增長，今年應該會在500元以上，各省市將出臺文件予以說明。構成醫療保險基金，主要用于農民生病住院的費用補助，報銷比例為60-75%，最多可報金額參照當地出臺文件。

農村新型合作醫療以戶為單位自愿參保，不能強迫參保，在一戶中不能某些人參保而其他人不參保。城鎮職工個人基本醫療保險是針對城鎮職工(包括農民工)實施的一項基本保險制度。它的繳費由個人和單位兩部分構成，繳費標準為單位和個人各繳納月工資的2%，共4%。保險費中一部分根據職工年齡及繳費年限等條件按一定比例劃入職工個人醫療帳戶，發給職工個人醫保卡。

二、是管理的部門不同。城鎮居民醫保主要由人社部門管理，新農合多數地方由衛生部門管理。

三、是保障待遇的側重點不同。城鎮居民醫保主要保住院和門診大病兼顧普通門診，所以住院及門診大病待遇都要高于新農合。新農合的門診待遇水平要高于城鎮居民醫保。

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