set協議的缺點如下：

　　1、協議沒有說明收單銀行給在線商店付款前，是否必須收到消費者的貨物接受證書。否則的話，在線商店提供的貨物不符合質量標準，消費者提出疑義，責任由誰承擔。

　　2、協議沒有擔保“非拒絕行為”，這意味著在線商店沒有辦法證明訂購是不是由簽署證書的消費者發出的。

　　3、SET技術規范沒有提及在事務處理完成后，如何安全地保存或銷毀此類數據，是否應當將數據保存在消費者、在線商店或收單銀行的計算機里。SET協議過于復雜，使用麻煩，成本高。

　　4、SET支付方式和認證結構適應于卡支付，對其他支付方式是有所的。

　　SET協議是指為了實現更加完善的即時電子支付應運而生的。SET協議（Secure Electronic Transaction），被稱之為安全電子交易協議，是由Master Card和Visa聯合Netscape，Microsoft等公司，于1997年6月1日推出的一種新的電子支付模型。SET協議是B2C上基于信用卡支付模式而設計的，它保證了開放網絡上使用信用卡進行在線購物的安全。SET主要是為了解決用戶，商家，銀行之間通過信用卡的交易而設計的，它具有的保證交易數據的完整性，交易的不可抵賴性等種種優點，因此它成為目前公認的信用卡網上交易的國際標準。

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