進(jìn)入軟件genetank窗口file---new----DNA sequence進(jìn)入序列輸入版塊control+v輸入序列改變序列選擇AS菜單 進(jìn)入primer引物設(shè)計(jì)進(jìn)入search點(diǎn)OK系統(tǒng)自引物 選需要（評(píng)）要克隆基則primer菜單手設(shè)計(jì)

Premier 的主要功能分四大塊，其中有三種功能較常用，即引物設(shè)計(jì)（primer），酶切點(diǎn)分析( enzyme)，基元查找( motif)。該軟件還有別的一些功能，如序列”朗讀”，DNA 與蛋白序列的互換（protein），發(fā)聲提示鍵盤輸入等，但其中最優(yōu)秀的卻是能設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。下面介紹用primer premier5.0軟件設(shè)計(jì)引物序列的方法。

方法

Premier 軟件的起動(dòng)并打開一段序列后，界面如圖所示。其主要功能在主界面上一目了然（按鈕功能如上述）。酶切點(diǎn)分析及基元查找功能比較簡(jiǎn)單，點(diǎn)擊該功能按鈕后，選擇相應(yīng)的酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按“確定”即可。常見的酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新酶或基元。

打開primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特異序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 設(shè)定Sense primer和Antisense primer的范圍及PCR產(chǎn)物大小范圍——設(shè)定引物長(zhǎng)度（primer length）——Automatic——OK——Search com

進(jìn)行引物設(shè)計(jì)時(shí)，點(diǎn)擊“primer”按鈕，界面如圖所示。

如果你要擴(kuò)展的基因已經(jīng)測(cè)序完成，你在網(wǎng)上找到序列，輸入primer5，然后點(diǎn)primer就可以了，然后你可以手動(dòng)或自動(dòng)更改，知道達(dá)到的你的要求。 如果你擴(kuò)增的基因還未測(cè)序完成，你只能通過別人克隆出來的相關(guān)基因設(shè)計(jì)引物，方法同上

進(jìn)一步點(diǎn)擊“search”按鈕，出現(xiàn) search criteria 窗口，有多種參數(shù)以調(diào)整。搜索目的（Seach For）有三種選項(xiàng)，PCR 引物（PCR Primers），測(cè)序引物（Sequencing Primers），雜

設(shè)計(jì)好后，點(diǎn)左上角的“edit”，再點(diǎn)“copy”，然后選擇正向引物或反向引物，點(diǎn)擊后就已經(jīng)復(fù)制到剪切板里了。然后打開word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘貼即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的數(shù)據(jù)庫(kù)中。

交探針（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer）都分別查找(Both)，或者成對(duì)查找（Pairs），或者分別以適合上、下游引物為主

引物設(shè)計(jì)是PCR技術(shù)中至關(guān)重要的一環(huán)，專門進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的商業(yè)軟如件Oligo 6和Primer Premier 5.0功能強(qiáng)大，但使用起來不容易。在生物幫上有文檔就這一問題進(jìn)行分析和探討，幫助有需要的人最快熟悉和掌握引物設(shè)計(jì)的技巧。你可以找到，看一下。生

（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區(qū)域（Search Ranges），引物長(zhǎng)度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數(shù)選擇（Search Parameters）等等。研究人員可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項(xiàng)參數(shù)。如果沒有特殊要求，建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按“OK”，隨之出現(xiàn)的 Search Progress 窗口中顯示 Search Completed 時(shí)，再按“OK” ，

怎樣在用primer premier 5.0設(shè)計(jì)PCR引物時(shí)加入酶切位點(diǎn) 首頁 問題 全部問題 經(jīng)濟(jì)金融 企業(yè)管理 法律法規(guī) 社會(huì)民生 科學(xué)教育 健康生活 體育運(yùn)動(dòng) 文化

這時(shí)搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn)，有三種顯示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，

這個(gè)用primer5是計(jì)算不出來的，把引物放在NCBI上做一個(gè)primer blast，可以搜索到引物擴(kuò)增產(chǎn)物的序列和長(zhǎng)度

成對(duì)顯示(Pairs)。

設(shè)計(jì)好后，點(diǎn)左上角的“edit”，再點(diǎn)“copy”，然后選擇正向引物或反向引物，點(diǎn)擊后就已經(jīng)復(fù)制到剪切板里了。然后打開word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘貼即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的數(shù)據(jù)庫(kù)中。就像這樣：

默認(rèn)顯示為成對(duì)方式，并按優(yōu)劣次序（Rating）排列，滿分為 100，即各指標(biāo)都能達(dá)標(biāo)，如圖所示。

打開primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特異序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 設(shè)定Sense primer和Antisense primer的范圍及PCR產(chǎn)物大小范圍——設(shè)定引物長(zhǎng)度（primer length）——Automatic——OK——Search com。

點(diǎn)擊其中一對(duì)引物，如第 1#引物，并把上述窗口挪開或退出，顯示 Peimer Premier 主窗口，如圖所示。該圖分三部分，最上面是圖示 PCR 模板及產(chǎn)物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì)，最下面是四種重要指標(biāo)的分析，包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)（Hairpin），二聚體（Dimer），錯(cuò)誤引發(fā)情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。

oligo最新版本是 oligo7 很好用 pp6 oligo7貌似都得算號(hào)器安裝吧 不麻煩的

當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時(shí)，按鈕由“None”變成“Found” ，點(diǎn)擊該按鈕，在左下角的窗口中就會(huì)出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況。一對(duì)理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，因此最好的情況是最下面的分析欄有“Found” ，只有 “None”。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應(yīng)用。有時(shí)需要對(duì)引物進(jìn)行修飾編輯，如在 5’端加入酶切點(diǎn)，可點(diǎn)擊“Edit Primers”，然后修改引物序列。若要回到搜索結(jié)果中，則點(diǎn)擊“Results”按鈕。

引物設(shè)計(jì)有3 條基本原則：首先引物與模板的序列要緊密互補(bǔ)，其次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)，再次引物不能在模板的非目的位點(diǎn)引發(fā)DNA 聚合反應(yīng)(即錯(cuò)配)。引物設(shè)計(jì)應(yīng)注意如下要點(diǎn)： 1 引物的長(zhǎng)度一般為15-30 bp，常用的是18-2

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哪種PCR引物設(shè)計(jì)軟件好用啊？

oligo最新版本是 oligo7 很好用

pp6 oligo7貌似都得算號(hào)器安裝吧 不麻煩的追問pp6與oligo7哪個(gè)設(shè)計(jì)引物好一點(diǎn)呀，我有oligo7，但下載的pp6沒安裝上追答我以前一直用的pp5設(shè)計(jì)檢測(cè)引物，pp5的搜索功能很強(qiáng)大

用oligo6在固定位置設(shè)計(jì)引物，oligo系列的分析能力很強(qiáng)大 界面也很直觀

但是到oligo7發(fā)布 徹底拋棄pp系列了 oligo7的搜索功能有很大改進(jìn) 界面卻很顛覆，相對(duì)之前的版本，需要適應(yīng)適應(yīng)。

聽說pp系列能連接ncbi數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行引物特異性分析 倒是沒用過 不知道oligo系列有沒有這個(gè)功能

都是相當(dāng)好的軟件，各有特色 對(duì)于普通用戶 更多是習(xí)慣問題

用primer premier 5.0設(shè)計(jì)引物時(shí)怎么消除二聚體

你不能通過軟件使可能形成二聚體的引物不形成二聚體，只能重新設(shè)計(jì)別引物

如何用Primer Premier5 檢驗(yàn)已有引物啊？

引物設(shè)計(jì)有3 條基本原則：首先引物與模板的序列要緊密互補(bǔ)，其次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)，再次引物不能在模板的非目的位點(diǎn)引發(fā)DNA 聚合反應(yīng)(即錯(cuò)配)。引物設(shè)計(jì)應(yīng)注意如下要點(diǎn)：

1 引物的長(zhǎng)度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不應(yīng)大于38，因?yàn)檫^長(zhǎng)會(huì)導(dǎo)致其延伸溫度大于74℃，不適于Taq DNA 聚合酶進(jìn)行反應(yīng)。

2 引物序列在模板內(nèi)應(yīng)當(dāng)沒有相似性較高，尤其是3’端相似性較高的序列，否則容易導(dǎo)致錯(cuò)配。引物3’端出現(xiàn)3 個(gè)以上的連續(xù)堿基，如GGG 或CCC，也會(huì)使錯(cuò)誤引發(fā)機(jī)率增加[2]。

3 引物3’端的末位堿基對(duì)Taq 酶的DNA 合成效率有較大的影響。不同的末位堿基在錯(cuò)配位置導(dǎo)致不同的擴(kuò)增效率，末位堿基為A 的錯(cuò)配效率明顯高于其他3 個(gè)堿基，因此應(yīng)當(dāng)避免在引物的3’端使用堿基A[3][4]。另外，引物二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)也可能導(dǎo)致PCR 反應(yīng)失敗。5’端序列對(duì)PCR 影響不太大，因此常用來引進(jìn)修飾位點(diǎn)或標(biāo)記物[2]。

4 引物序列的GC 含量一般為40-60%，過高或過低都不利于引發(fā)反應(yīng)。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5 引物所對(duì)應(yīng)模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使復(fù)性條件最佳。Tm 值的計(jì)算有多種方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo 軟件中使用的是最鄰近法(the nearest neighbor method)。

6 ∆G 值是指DNA 雙鏈形成所需的自由能，該值反映了雙鏈結(jié)構(gòu)內(nèi)部堿基對(duì)的相對(duì)穩(wěn)定性。應(yīng)當(dāng)選用3’端∆G 值較低（絕對(duì)值不超過9），而5’端和中間∆G 值相對(duì)較高的引物。引物的3’端的∆G 值過高，容易在錯(cuò)配位點(diǎn)形成雙鏈結(jié)構(gòu)并引發(fā)DNA 聚合反應(yīng)[6]。

7 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)的能值過高（超過4.5kcal/mol）易導(dǎo)致產(chǎn)生引物二聚體帶，并且降低引物有效濃度而使PCR 反應(yīng)不能正常進(jìn)行[8]。

8 對(duì)引物的修飾一般是在5’端增加酶切位點(diǎn)，應(yīng)根據(jù)下一步實(shí)驗(yàn)中要插入PCR 產(chǎn)物的載體的e69da5e887aae799bee5baa6e997aee7ad9431333262346436相應(yīng)序列而確定。

參考資料：http://www.biox.cn/content/20050513/13048.htm

誰會(huì)用primer premier6.0設(shè)計(jì)引物啊。具體步驟{最好有截圖}一步一步。有幫助的話，我再獎(jiǎng)勵(lì)50分。拜托。

手頭百的電腦沒裝。。。如果沒記錯(cuò)的話 new sequence---DNA sequence---as it is---research primer---設(shè)置引度物位置范圍和產(chǎn)專物長(zhǎng)度----出來打分的引物---edit里面點(diǎn)copy 然后屬出來粘貼上

如何用 primer premier5 設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，可否給個(gè)詳細(xì)流程。謝謝

用什么軟件設(shè)計(jì)都一樣啊 只是要找到保守區(qū)域而已吧

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